История храма тесно связана с деятельностью ордена иезуитов, активно развивавших в XVII веке религиозную и образовательную жизнь города. Строительство костёла началось в 1678 году как часть масштабного монастырского комплекса.

Торжественное освящение состоялось в 1705 году в присутствии польского короля Августа Сильного и российского императора Петра I.

В тот период костёл и иезуитский монастырь считались одними из самых богатых в Речи Посполитой. Комплекс занимал значительную часть городского квартала и включал коллегиум, аптеку, библиотеку и хозяйственные постройки.

После упразднения ордена иезуитов в 1773 году храм стал приходским костёлом, а позднее перешёл под управление католического духовенства. Несмотря на исторические испытания и смену эпох, он продолжал действовать, сохраняя своё значение как духовного и культурного центра города Гродно.

Сегодня Фарный костёл остаётся не только религиозной святыней, но и выдающимся памятником архитектуры, привлекающим туристов, паломников и ценителей искусства.